Informacja

9.8: Ćwiczenie 3 – Korzystanie z BLASTP – Biologia


  1. Skieruj swoją przeglądarkę do NCBI BLAST (http://blast.ncbi.nlm.nih.gov). Wybierz Protein BLAST.
  2. Wprowadź numer NP_ dla S. cerevisiae białko (rozdział 5), które bada twoja grupa.
  3. Wybierz rekordy do przeszukania. Dla bazy danych wybierz białka referencyjne. Dla

    organizm, typ Schizosaccharomyces pombe. (Jest to taksowane 4896 z listy rozwijanej.)

  4. Rozwiń parametry algorytmu na dole strony. Użyjemy domyślnych wartości rozmiaru słowa (=3), wartość progowa (=10) i karę za przerwę (=11). Poszukiwania można było dokonać

    bardziej rygorystyczne, zwiększając rozmiar słowa, wartość progową lub karę za przerwę. Wyszukiwanie mogło

    być mniej rygorystyczne, zmniejszając te wartości.

  5. Kliknij BLAST i poczekaj na pojawienie się wyników.
  6. Przeanalizuj stronę wyników:
  • ten podsumowanie graficzne u góry daje natychmiastowy przegląd zakresu i siły meczu z S. pombe sekwencje. Kolory służą do rozróżniania wyrównań z różnymi zakresami punktacji bitowej. Górna linia reprezentuje dopasowanie między S. cerevisiaeBiałko Metp i jego najbliższe S. pombe ortolog. Mogą występować krótsze i mniej znaczące dopasowania z innymi S. pombe sekwencje białkowe.
  • ten tablica wyników dostarcza dane liczbowe. Dopasowania z wartością E wynoszącą 1E-10 lub mniej i całkowitymi wynikami powyżej 100 prawdopodobnie będą znaczące.
  • Przesuń kursor w dół, aby zobaczyć rzeczywiste wyrównanie między sekwencjami. Myślniki zostały wprowadzone do obu S. cerevisiae lub S. pombe sekwencja, w której przerwy przerywają wyrównanie. Środkowy rząd podsumowuje homologię między sekwencjami białek. Jeśli aminokwas jest konserwowany między tymi dwoma gatunkami, pokazany jest jego 1-literowy kod. Znaki plus wskazują konserwatywne podstawienia, tj. podstawienia o wartości BLOSUM równej 1 lub większej.
  • Kliknij link do rekordu NP_ dla S. Znajdź numer WE. Czy numer WE S. pombe białko takie samo jak jego S. cerevisiae ortolog? Jeśli tak, to oba białka katalizują tę samą reakcję.

9.8: Ćwiczenie 3 – Korzystanie z BLASTP – Biologia

Wszystkie artykuły publikowane przez MDPI są natychmiast udostępniane na całym świecie na podstawie licencji otwartego dostępu. Nie jest wymagane żadne specjalne pozwolenie na ponowne wykorzystanie całości lub części artykułu opublikowanego przez MDPI, w tym rysunków i tabel. W przypadku artykułów opublikowanych na otwartej licencji Creative Common CC BY dowolna część artykułu może być ponownie wykorzystana bez pozwolenia, pod warunkiem, że oryginalny artykuł jest wyraźnie cytowany.

Artykuły fabularne reprezentują najbardziej zaawansowane badania o dużym potencjale wywierania dużego wpływu w tej dziedzinie. Artykuły fabularne są nadsyłane na indywidualne zaproszenie lub rekomendację redakcji naukowych i przed publikacją podlegają recenzowaniu.

Artykuł może być oryginalnym artykułem badawczym, istotnym nowatorskim badaniem, które często obejmuje kilka technik lub podejść, lub obszernym artykułem przeglądowym ze zwięzłymi i precyzyjnymi aktualizacjami na temat najnowszych postępów w tej dziedzinie, które systematycznie przeglądają najbardziej ekscytujące postępy w nauce literatura. Tego typu artykuł przedstawia perspektywę przyszłych kierunków badań lub możliwych zastosowań.

Artykuły Editor’s Choice oparte są na rekomendacjach redaktorów naukowych czasopism MDPI z całego świata. Redaktorzy wybierają niewielką liczbę artykułów opublikowanych ostatnio w czasopiśmie, które ich zdaniem będą szczególnie interesujące dla autorów lub ważne w tej dziedzinie. Celem jest przedstawienie migawki niektórych z najbardziej ekscytujących prac opublikowanych w różnych obszarach badawczych czasopisma.


  • Pliki wykonywalne BLAST+ (zainstalowane i w Twojej PATH)
  • Niestandardowe skrypty Perla (BLASTN_parse.pl i BLASTP_parse.pl)
  • r
  • BBEdit lub wybrany edytor tekstu
  • Cyberduck lub wybrane oprogramowanie do przesyłania plików
  • Microsoft Excel

[Uwaga: Jeśli nie masz zainstalowanego lokalnego programu BLAST i/lub BioPerl, pliki pośrednie są przechowywane w

/TodosSantos/local_blast/prerun/, dzięki czemu możesz podążać dalej.]


Technika walki zawodników rugby podczas uderzeń głową w porównaniu do wślizgów bez kontuzji

Cele: Większość urazów głowy w rugby występuje podczas wślizgów, w których głowa zostaje uderzona. Wślizgi przy uderzeniu głową mogą być wynikiem złej techniki wbijania. Dlatego celem tego badania było przeanalizowanie biegłości w nosicielu piłki i technikach naciągania w przypadku uderzeń głową oraz porównanie biegłości w zakresie techniki z pomyślnie wykonanym wślizgiem w sytuacjach rzeczywistych.

Projekt: Retrospektywna analiza wideo.

Metody: Nagrania wideo przedstawiające uderzenia głową z „zawodnikiem uderzającym w głowę” (n=157) i przeciwnikiem „graczem uderzającym w głowę” (n=156) zostały ocenione pod kątem techniki kontaktowej przy użyciu listy kryteriów technicznych i porównane z wynikami roli i techniką kontaktową. dopasowywany typ sprzętu, bez kontuzji, udane wślizgi (n=170).

Wyniki: Nosiciele z piłką, którzy dotykali głowy podczas uderzenia od przodu głową (średnio 6,4, 95% CI 5,6-7,1 AU, na łączny wynik 14) uzyskali znacznie mniej punktów niż „gracz uderzający” (średnia 8,1, 95% CI 7,1 -9,1 AU, p<0,01, ES=0,5, małe) i udanych nosicieli piłki (średnia udanych nosicieli kulek 9,4, 95%CI 8,9-9,9 AU, p<0,0001, ES=1,1, średni). Wyniki biegłości w kontakcie z napastnikiem podczas udanych ataków z przodu (średnio 12,3, 95% CI 11,6-12,9 AU, z łącznej liczby 16) były znacznie wyższe niż wyniki w zakresie biegłości w kontakcie z napastnikiem dla „gracza z uderzeniem głową” (średnia 9,8, 95 %CI 8,6-10,9, p<0,001, ES=0,8, średni) i „gracz wpływający” (średnia 9,3, 95% CI 8,4-10,1, p<0,0001, ES=1,0, średni).

Wnioski: Zarówno nosiciel piłki, jak i napastnik mają problemy techniczne, gdy w meczach dochodzi do uderzenia głową. Konsekwencją tego odkrycia jest to, że zawodnicy i trenerzy muszą uznać, że zarówno nosiciel piłki, jak i napastnik są odpowiedzialni za wzajemne bezpieczeństwo podczas wślizgu.

Słowa kluczowe: Uderzenie w głowę Zapobieganie urazom Pomiar Sporty zespołowe Trening.

Copyright © 2018 Medycyna Sportowa Australia. Wydane przez Elsevier Ltd. Wszelkie prawa zastrzeżone.


Ćwiczenie 9 Transpiracja Przykład 2 ap

Większość wody pochłanianej przez roślinę nie jest wykorzystywana do codziennego funkcjonowania rośliny. Zamiast tego jest tracona przez transpirację, odparowanie wody przez powierzchnię liścia i aparaty szparkowe oraz przez gutację, czyli utratę wody z tkanek naczyniowych na obrzeżach liści.

Istnieją trzy poziomy transportu w roślinach: pobieranie i uwalnianie wody i substancji rozpuszczonych przez pojedyncze komórki, transport na krótkie odległości między komórkami na poziomie tkanek i narządów oraz transport na duże odległości soku przez ksylem i łyko na poziomie całej rośliny. Transport wody jest kontrolowany przez potencjał wody. Woda zawsze będzie przemieszczać się z obszaru o wysokim potencjale wodnym do obszaru o niskim potencjale wodnym. Na ten potencjał wody wpływa ciśnienie, grawitacja i stężenie substancji rozpuszczonej.

Woda przedostaje się do rośliny poprzez osmozę i wytwarza hydrostatyczne ciśnienie w korzeniu, które wymusza w górę wodę na niewielką odległość, jednak główną siłą poruszającą wodę jest przyciąganie w górę spowodowane transpiracją. Siła przyciągania jest wzmocniona naturalnymi właściwościami wody, takimi jak adhezja i kohezja. Transpiracja zmniejsza potencjał wody w steli, powodując przepływ wody i wciąganie w górę do liści i innych obszarów o niskim potencjale wodnym. W liściach zaczyna narastać ciśnienie, aby zapobiec ruchowi w dół, pojawia się guttation. Gutacja zachodzi przez otwory liściowe na krawędziach liści, zwane hydratodami. Utratę wody w wyniku transpiracji można ułatwić otwierając i zamykając aparaty szparkowe w zależności od warunków środowiskowych.

W roślinach występują trzy typy komórek: miąższ, sklerenchyma i kollenchyma. Komórki miąższu są najliczniejsze i nie są wyspecjalizowane. Znajdują się w mezofilu liści, miąższu owoców, rdzeniu łodyg oraz korze korzeni i łodygi. Sklerenchyma to wydłużone komórki, które tworzą włókna. Mają grube ściany wtórne, a protoplasty często umierają wraz z wiekiem. Służą jako wsparcie i znajdują się w tkance naczyniowej. Komórki Collenchyma żyją w wieku dojrzałym i mają pogrubioną ściankę wtórną.

W laboratorium 9A wszystkie rośliny w tym eksperymencie stracą wodę przez transpirację, ale te dotknięte radiatorem i wentylatorem stracą większą ilość wody ze względu na warunki środowiskowe. Ta transpiracja wciągnie wodę z potencjometru do rośliny. Strukturę i typy komórek przekroju poprzecznego łodygi można obserwować pod mikroskopem.

Ćwiczenie 9A: Transpiracja

Materiały potrzebne do tego ćwiczenia to rondelek z wodą, minutnik, zlewka z wodą (radiator), nożyczki, pipeta 1 ml, sadzonka do roślin, stojak na pierścionek, zaciski, przezroczysta plastikowa rurka, wazelina, wentylator, lampa , spryskiwacz, waga, kalkulator i plastikowa torba.

Ćwiczenie 9B: Struktura Pnia

Materiały potrzebne do tego ćwiczenia to mikrotom, jednoostrzowa żyletka, łodygi roślin, parafina, 50% etanol, woda destylowana, 50% gliceryna, barwnik O z błękitem toluidynowym, szkiełko mikroskopowe i szkiełko nakrywkowe, ołówek , papier i mikroskop świetlny.

Ćwiczenie 9A: Transpiracja

Końcówkę pipety umieszczono w plastikowej rurce i zanurzono w tacce z wodą. Do pipety i rurek wciągano wodę, aż nie pozostały pęcherzyki. Łodygę rośliny wycięto pod wodą i włożono do plastikowej rurki. Wazelina została natychmiast umieszczona wokół krawędzi rury, aby utworzyć hermetyczne uszczelnienie wokół łodygi. Rurka została wygięta w kształt “U” i zastosowano dwa zaciski na statywie pierścieniowym, aby utrzymać potencjometr na miejscu. Potencjometr pozostawiono do zrównoważenia przez dziesięć minut.

Roślina była wystawiona na działanie wentylatora, który był umieszczony metr dalej i nastawiony na niską prędkość. Zapisywano odczyt czasu zero, a następnie zapisywano go w sposób ciągły co trzy minuty przez 30 minut. Po eksperymencie wszystkie liście odcięto od rośliny i zmasowano przez wycięcie jednego cm2 pudełka i zmasowanie go.

Ćwiczenie 9B: Struktura Pnia

Uzyskano mikrotom typu „nakrętka i śruba”, a odkręcając śrubę utworzono małą miseczkę. Łodygę umieszczono w mikrotomie i wokół łodygi zalano stopioną parafiną. Parafinę pozostawiono do wyschnięcia i odcięto nadmiar łodygi. Śruba została lekko skręcona, a następnie przecięta ostrzem. Plaster umieszczono w 50% etanolu. Plastry pozostawiono w etanolu na pięć minut. Używając kleszczyków, plastry przeniesiono do naczynia z barwnikiem błękitem toluidynowym O i pozostawiono na jedną minutę. Skrawki przepłukano wodą destylowaną. Sekcja została zamontowana na szkiełku z kroplą 50% gliceryny. Na szkiełku umieszczono szkiełko nakrywkowe. Przekrój był obserwowany pod mikroskopem świetlnym i rysowany.


Oszacowanie

Uczniowie pracują nad serią pytań do refleksji, zintegrowanych z ćwiczeniem, które mają być przekazane przed następną sesją laboratoryjną i ocenione do oceny podsumowującej. Zachęca się uczniów do omawiania pytań z kolegami podczas badania laboratoryjnego i, w stosownych przypadkach, do szukania wskazówek u instruktora. Instruktor powinien przeprowadzać rundy w klasie, aby stymulować dyskusję w grupie/stołu laboratoryjnym i odpowiadać na pytania lub pomagać uczniom, gdy nie są na dobrej drodze. Podczas rund lekcyjnych instruktor powinien również zachęcać uczniów do ustnego wyjaśniania grupie rozwiązań pytań myślowych, zintegrowanych z ćwiczeniem, jako ćwiczenia metapoznawczego i sprawdzania zrozumienia. Instruktor może wykorzystać te dane oceniania kształtującego, aby określić, kiedy należy ponownie zebrać klasę w celu przeprowadzenia dalszych demonstracji w stylu nauczania just-in-time.

Pytania do refleksji są również zestawiane w nieformalny/krótki raport laboratoryjny oparty na odpowiedziach, który jest dołączony do ostatniej strony każdego ćwiczenia jako część zadania zbiorowego (Pliki pomocnicze S1-S6: Podobieństwo sekwencji - Ćwiczenie 1, 2, 3, 4.1 , 4.2 i 4.3). Po nieformalnym omówieniu pytań z rówieśnikami uczniowie mają zapisywać rozwiązania własnymi słowami. Nieformalny raport z laboratorium jest przekazywany przed następnym laboratorium do oceny podsumowującej. Instruktor może przekazać asystentom nauczyciela sugerowany klucz rozwiązania zintegrowany na końcu każdego ćwiczenia (Obsługa podobieństwa sekwencji S1-S6 — Ćwiczenie 1, 2, 3, 4.1, 4.2 i 4.3), a następnie zweryfikować jakość ocen podczas wprowadzania ocen do dziennik ocen kursu.


Przejdź od zadawania pytań do zrozumienia

Zadawać pytania

Niezależnie od tego, czy utknąłeś w pytaniu historycznym, czy w zagadce z geometrią, nie ma pytania zbyt trudnego dla Brainly.

Uzyskać pomoc

Nasza społeczność ekspertów składa się ze studentów, nauczycieli, doktorów i innych geniuszy, którzy tylko czekają, by odpowiedzieć na Twoje najtrudniejsze pytania.

Aby uzyskać pole powierzchni prostokątnego pudełka o długości 5 cm, szerokości 3 cm i wysokości 4 cm, użyjemy wzoru Pole powierzchni prostokątnego pudełka. Formuła powierzchni, którą należy zastosować, jest wyrażona poniżej:

Rozwiązanie:

Krok 1: Zanim rozwiążemy, wypiszmy dane.

Krok 2: Użyjmy podanego, aby zastąpić wzór:

SA = 2 ((3 cm x 5 cm) + (4 cm x 5 cm) + (4 cm x 3 cm))

SA = 2 (15 cm² + 20 cm² + 12 cm²)

Odpowiedź:

Powierzchnia prostokątnego pudełka o długości 5 cm, szerokości 3 cm i szerokości 4 cm wynosi 94 cm².


9.8: Ćwiczenie 3 – Korzystanie z BLASTP – Biologia

Wszystkie artykuły publikowane przez MDPI są natychmiast udostępniane na całym świecie na podstawie licencji otwartego dostępu. Nie jest wymagane żadne specjalne pozwolenie na ponowne wykorzystanie całości lub części artykułu opublikowanego przez MDPI, w tym rysunków i tabel. W przypadku artykułów opublikowanych na otwartej licencji Creative Common CC BY dowolna część artykułu może być ponownie wykorzystana bez pozwolenia, pod warunkiem, że oryginalny artykuł jest wyraźnie cytowany.

Artykuły fabularne reprezentują najbardziej zaawansowane badania o dużym potencjale wywierania dużego wpływu w tej dziedzinie. Artykuły fabularne są nadsyłane na indywidualne zaproszenie lub rekomendację redakcji naukowych i przed publikacją podlegają recenzowaniu.

Artykuł może być oryginalnym artykułem badawczym, istotnym nowatorskim badaniem, które często obejmuje kilka technik lub podejść, lub obszernym artykułem przeglądowym ze zwięzłymi i precyzyjnymi aktualizacjami na temat najnowszych postępów w tej dziedzinie, które systematycznie przeglądają najbardziej ekscytujące postępy w nauce literatura. Tego typu artykuł przedstawia perspektywę przyszłych kierunków badań lub możliwych zastosowań.

Artykuły Editor’s Choice oparte są na rekomendacjach redaktorów naukowych czasopism MDPI z całego świata. Redaktorzy wybierają niewielką liczbę artykułów opublikowanych ostatnio w czasopiśmie, które ich zdaniem będą szczególnie interesujące dla autorów lub ważne w tej dziedzinie. Celem jest przedstawienie migawki niektórych z najbardziej ekscytujących prac opublikowanych w różnych obszarach badawczych czasopisma.


Dokumenty CBSE z poprzedniego roku dla klasy 12

Dokumenty CBSE z poprzedniego roku dla klasy 12 są dostępne tutaj dla wszystkich głównych przedmiotów, takich jak fizyka, chemia, matematyka i biologia. Wszystkie te dokumenty z pytaniami są dostępne w formacie PDF przez Versionweekly i można je łatwo pobrać. Aby uczniowie klasy 12 dobrze przygotowali się do egzaminu komisyjnego, podajemy tutaj pytania z ostatnich 5 lat. Rozwiązując te papiery z pytaniami, uczniowie zrozumieją wzór papieru, na przykład liczbę pytań zadawanych z każdego rozdziału oraz schemat oceny.

Dwunaste pytanie z poprzedniego roku pomoże uczniowi poznać wagę znaków niesionych przez każdy rozdział. Na tej podstawie student może przygotować się do egzaminu, przygotowując ważny rozdział, który ma większą wagę. Uczniowie powinni wykorzystać te arkusze pytań, aby sprawdzić się i sprawdzić, czy są całkowicie przygotowani do egzaminu komisyjnego, czy nie. Powinni rozwiązywać pytania w wyznaczonym czasie, co pomoże w zarządzaniu czasem podczas egzaminu końcowego.

Korzyści z polecania materiałów szkoleniowych CBSE Online

Niektóre kluczowe korzyści płynące z nauki z materiałów edukacyjnych CBSE Online są podane w poniższych punktach.

  • W łatwy sposób oferuje dogłębną znajomość programu kursu.
  • Materiał do nauki jest zaprojektowany ściśle według najnowszego programu nauczania CBSE i wzoru egzaminu.
  • Materiał do nauki jest tworzony przez ekspertów po dogłębnej analizie struktury kursu.
  • Buduje podstawowe pojęcia i wyjaśnia wątpliwości uczniów.
  • Materiał do nauki jest przedstawiony w prostszym języku, aby uczniowie mogli go łatwo zrozumieć.
  • Przykładowe prace i arkusze pytań są udostępniane studentom na praktykę.

Materiał do nauki CBSE pomoże studentom w nauce od początku sesji akademickiej do przygotowania w ostatniej chwili. Ponadto studenci muszą być konsekwentni w swoich studiach i ćwiczyć różne problemy, aby uzyskać doskonałe wyniki na egzaminie CBSE. Bądź na bieżąco, aby otrzymywać najnowsze informacje o CBSE i innych konkurencyjnych egzaminach.


Obejrzyj wideo: Multiple Sequence Alignment and Phylogenetic tree Bioinformatics (Styczeń 2022).